Fils du Mwami MWAMBUTSA et de Thérèse KANYONGA, le prince Louis RWAGASORE est né à Gitega le 10 janvier 1932. Il entame l’école primaire à l’âge de 7 ans à Bukeye, puis à Kanyinya et Gitega. In 1945 il entre au Groupe Scolaire d’Astrida à Butare (Rwanda) où il étudie pendant 6 ans. En 1956 il ira à l’université d’Anvers, en Belgique, mais reviendra très vite au Burundi où il entame sa vie politique au niveau associatif par la création de coopératives strictement africaines, qui seront interdites par la Belgique, pays de tutelle, en 1958. Il épouse Marie-Rose NTAMIKEVYO le 12 septembre 1959.
En septembre 1958, il forme l’UPRONA, Union pour le Progrès National, avec quelques camarades nationalistes, dont Paul MIREREKANO et Thaddée SIRYUYUMUSI. Ce parti ne sera agréé que le 7 janvier 1960. Rentré de Belgique, le Mwami veut lui confier la chefferie de Butanyerera (actuellement en province de Ngozi), ce qu’il refuse afin de pouvoir se dévouer entièrement à la cause nationaliste. Un conflit politique naît avec son père, le Roi MWAMBUTSA, qui se déclare au-dessus des partis politiques, le 8 février 1960, peu après l’indépendance du Congo ; le monarque se sentant menacé par le nationalisme grandissant en Afrique. RWAGASORE et MIREREKANO étaient très proches du nationaliste congolais Patrice LUMUMBA. RWAGASORE préside le Congrès de l’UPRONA du 14 au 20 mars 1960 : ils demandent l’indépendance du Burundi. La résistance au colonialisme prend une nouvelle tournure ; l’UPRONA demande à la population de ne plus payer de taxes, de boycotter les magasins tenus par les expatriés ; une campagne de désobéissance civile s’installe. MWAMBUTSA répète qu’il est au-dessus de partis. Du 27 octobre au 9 décembre 1960, Louis RWAGASORE est placé en résidence surveillée, juste avant les élections communales organisées à la mi-novembre. Le PDC, soutenu par la Belgique, l’emporte.